由于化石记录如此不给力，科学家们越来越多地转向基因研究，特别是被称为线粒体DNA的部分。线粒体DNA直到1964年才被发现，但到了20世纪80年代，加州大学伯克利分校一些聪明的学者意识到它有两个特性，使其作为一种分子钟特别方便：它只通过母系传递，因此不会在每一代中与父系DNA混合，而且它的突变速度比正常的核DNA快大约二十倍，使得追踪遗传模式随时间的变化更容易。通过追踪突变率，他们可以计算出整个人群的遗传历史和关系。
1987年，由已故的艾伦·威尔逊领导的伯克利团队对147个个体的线粒体DNA进行了分析，并宣布解剖学上现代人类的崛起发生在非洲，时间在过去14万年内，并且“所有现今的人类都是那个种群的后代”。这对多区域假说是一个沉重的打击。但随后人们开始更仔细地审视数据。其中一个最非同寻常的点——几乎难以置信——是研究中使用的“非洲人”实际上是非裔美国人，他们的基因在过去几百年里显然受到了相当大的调和。关于假定的突变率的疑问也很快浮现出来。
到1992年，这项研究基本上名誉扫地。但基因分析技术不断完善，1997年，慕尼黑大学的科学家们成功地从原始尼安德特人的臂骨中提取并分析了一些DNA，这一次证据站得住脚了。慕尼黑的研究发现，尼安德特人的DNA与现在地球上发现的任何DNA都不同，这强烈表明尼安德特人与现代人类之间没有遗传联系。这下可真是对多区域假说的一记重击。
然后在2000年末，《自然》及其他出版物报道了一项瑞典对五十三人线粒体DNA的研究，该研究表明所有现代人类都是在过去10万年内从非洲出现的，并且来自一个不超过1万个个体的繁殖群体。不久之后，怀特海德研究所/麻省理工学院基因组研究中心主任埃里克·兰德宣布，现代欧洲人，也许还有更远地方的人，是“不超过几百名非洲人的后代，他们在最近的25000年前离开了他们的家园”。
正如我们在本书其他地方提到的那样，现代人类表现出惊人的低遗传变异性——正如一位权威人士所说，“一个由五十五只黑猩猩组成的社会群体中的多样性比整个人类种群中的还要多”——这可以解释为什么。因为我们是最近从一个小型创始种群繁衍下来的，所以还没有足够的时间或足够的人口来提供巨大变异性的来源。这似乎是对多区域主义的一个相当沉重的打击。“在此之后，”宾夕法尼亚州立大学的一位学者告诉《华盛顿邮报》，“人们不会太在意多区域理论了，这个理论几乎没有什么证据。”
但所有这一切都忽略了新南威尔士州西部古老的芒戈人所提供的几乎无限的惊喜能力。2001年初，索恩和他在澳大利亚国立大学的同事们报告说，他们从最古老的芒戈标本——现已测定年代为62000年——中恢复了DNA，并且这种DNA被证明是“基因上独特的”。
根据这些发现，芒戈人解剖学上是现代的——就像你我一样——但他携带了一个已灭绝的遗传谱系。他的线粒体DNA在现存人类中已不再发现，而如果像所有其他现代人一样，他是最近离开非洲的人的后代，那么情况本应如此。
“这又把一切都颠倒过来了，”索恩带着毫不掩饰的喜悦说。
然后其他更奇怪的异常现象开始出现。牛津大学生物人类学研究所的人口遗传学家罗莎琳德·哈丁在研究现代人β-珠蛋白基因时，发现了两种在亚洲人和澳大利亚土著居民中常见，但在非洲几乎不存在的变异体。她确信，这种变异基因并非起源于非洲，而是在20多万年前起源于东亚——远在现代智人到达该地区之前。解释它们的唯一方法是说，现在生活在亚洲的人的祖先包括古人类——爪哇人等等。有趣的是，这同一个变异基因——可以这么说，爪哇人基因——也出现在牛津郡的现代人群中。
我感到困惑，于是去研究所拜访了哈丁，研究所坐落在牛津班伯里路一栋古老的砖砌别墅里，大致在比尔·克林顿度过学生时代的那个街区。哈丁是一位身材娇小、性格活泼的澳大利亚人，最初来自布里斯班，她有一种罕见的本事，能同时既有趣又认真。
“不知道，”当我问她牛津郡的人们如何携带本不该存在的β-珠蛋白序列时，她立刻笑着说。“总的来说，”她接着更严肃地说，“基因记录支持走出非洲假说。但随后你会发现这些异常的集群，大多数遗传学家更愿意避而不谈。如果我们能理解的话，将会有巨量的信息可供我们使用，但我们还没有。我们才刚刚开始。”她拒绝就牛津郡存在亚洲起源基因告诉我们什么，除了情况显然很复杂。“现阶段我们只能说情况非常混乱，我们真的不知道为什么。”
在我们见面的时候，也就是2002年初，另一位名叫布莱恩·赛克斯的牛津科学家刚刚出版了一本名为《夏娃的七个女儿》的畅销书，书中他利用线粒体DNA的研究，声称能够将几乎所有现存的欧洲人追溯到仅仅七位女性的创始种群——书名中的夏娃的女儿们——她们生活在一万年到四万五千年前，科学上称为旧石器时代。赛克斯给这些女性每人都起了名字——乌尔苏拉、泽尼娅、茉莉等等——甚至还写了详细的个人历史。（“乌尔苏拉是她母亲的第二个孩子。第一个孩子只有两岁时被豹子叼走了……”）
当我问哈丁关于这本书的事时，她笑容灿烂但小心翼翼，仿佛不太确定该如何回答。“嗯，我想你必须承认他帮助普及了一个困难的学科，”她若有所思地停顿了一下。“而且还存在着他可能是对的这种微小的可能性。”她笑了，然后更专注地继续说：“任何单个基因的数据都无法真正告诉你任何如此确定的事情。如果你向后追踪线粒体DNA，它会把你带到一个特定的地方——一个乌尔苏拉或塔拉或其他什么地方。但如果你拿出任何其他的DNA片段，任何一个基因，然后向后追踪，它会把你带到完全不同的地方。”
我理解，这有点像随机地从伦敦出发沿着一条路走，发现它最终止于约翰奥格罗茨，然后由此得出结论，伦敦的任何人必定来自苏格兰北部。他们当然可能来自那里，但同样地，他们也可能来自数百个其他地方中的任何一个。从这个意义上说，根据哈丁的说法，每个基因都是一条不同的高速公路，而我们才刚刚开始绘制路线图。“没有任何一个基因能告诉你整个故事，”她说。
那么基因研究是不可信的吗？
“哦，一般来说，你可以相信研究本身。你不能相信的是人们常常附加给它们的笼统结论。”
她认为“走出非洲”假说“可能95%是正确的”，但补充道：“我认为双方都通过坚持必须是其中一种或另一种，而对科学造成了一些损害。事情很可能不像任何一阵营让你相信的那样简单直接。证据显然开始表明，世界不同地区存在多次迁徙和扩散，方向各异，并且通常混合了基因库。这永远不会容易理清。”
就在这时，还有一些报道质疑关于恢复非常古老DNA的说法的可靠性。《自然》杂志的一位学者曾指出，一位古生物学家被同事问及一个古老的头骨是否涂过清漆时，舔了一下头骨顶部，然后宣布涂过。“在这个过程中，”《自然》的文章指出，“大量的现代人类DNA会转移到头骨上，”使其无法用于未来的研究。我向哈丁询问了这件事。“哦，它几乎肯定已经被污染了，”她说。“仅仅处理一块骨头就会污染它。对着它呼吸也会污染它。我们实验室里的大部分水都会污染它。我们都浸泡在外来DNA中。为了获得可靠干净的标本，你必须在无菌条件下挖掘它，并在现场对其进行测试。不污染标本是世界上最棘手的事情。”
那么，对于这样的说法，我们是否应该持怀疑态度呢？我问道。
哈丁庄重地点点头。“非常，”她说。
如果你想立刻理解为什么我们对人类起源知之甚少，我有一个地方推荐给你。它位于肯尼亚蓝色恩贡山脉边缘稍远的地方，内罗毕的西南方向。沿着通往乌干达的主要高速公路驶出城市，会有一个令人惊叹的荣耀时刻，地面突然下沉，你将看到一望无际、淡绿色的非洲平原的滑翔伞视角。