无论如何，华莱士未能领会达尔文试图告诉他的意思，当然他也无法知道他自己的理论与达尔文已经进化了——可以说——二十年的理论几乎完全相同。
达尔文陷入了痛苦的两难境地。如果他为了保住优先权而匆忙出版，他将利用一个来自远方仰慕者的无辜提示。但如果他退让，正如绅士风度可能要求的那样，他将失去对他独立提出的理论的功劳。华莱士的理论，据华莱士自己承认，是灵光一现的结果；达尔文的则是多年仔细、缓慢、有条不紊思考的产物。这一切都极其不公平。
雪上加霜的是，达尔文最小的儿子，也叫查尔斯，患上了猩红热，病情危急。在危机最严重的时候，6月28日，孩子去世了。尽管儿子的病情分散了他的注意力，达尔文还是抽空给他的朋友查尔斯·莱尔和约瑟夫·胡克匆匆写了信，表示愿意退让，但指出这样做将意味着他所有的工作，“无论其价值如何，都将被摧毁”。莱尔和胡克想出了一个折衷方案，即同时提交达尔文和华莱士思想的摘要。他们选定的场合是林奈学会的一次会议，该学会当时正努力重新成为科学界的卓越中心。1858年7月1日，达尔文和华莱士的理论向世界公布。达尔文本人并未出席。会议当天，他和妻子正在安葬他们的儿子。
达尔文-华莱士的报告是当晚七场报告之一——其中一场是关于安哥拉植物群的——如果现场三十多位听众知道他们正在见证本世纪的科学亮点，他们并没有表现出任何迹象。报告之后没有讨论。这件事在其他地方也没有引起多少注意。达尔文后来高兴地指出，只有一个人，都柏林的霍顿教授，在印刷品中提到了这两篇论文，而他的结论是“其中所有新的东西都是错误的，而真实的东西则是陈旧的”。
华莱士，仍在遥远的东方，很久以后才得知这些操作，但他表现得非常平静，似乎很高兴能被包括在内。他甚至从此以后一直将该理论称为“达尔文主义”。对达尔文优先权主张远不那么顺从的是一位名叫帕特里克·马修的苏格兰园丁，非常引人注目的是，他也在达尔文乘坐“小猎犬号”启航的那一年提出了自然选择的原理。不幸的是，马修将这些观点发表在一本名为《海军木材与树木栽培》的书中，这本书不仅被达尔文忽略了，而且被整个世界忽略了。当马修看到达尔文因一个实际上属于他的想法而到处获得赞誉时，他活跃地在《园丁纪事》上发表了一封信表示抗议。达尔文毫不犹豫地道歉了，尽管他也确实记录在案：“考虑到马修先生的观点给得如此简短，并且出现在一本关于海军木材与树木栽培的著作的附录中，我想没有人会感到惊讶，无论是我，还是显然任何其他博物学家，都没有听说过他的观点。”
华莱士在接下来的五十年里继续作为博物学家和思想家，有时是一位非常优秀的思想家，但由于涉足诸如招魂术和宇宙其他地方存在生命的可能性等可疑兴趣，他逐渐失去了科学界的青睐。因此，这个理论基本上默认地成为了达尔文一个人的。
达尔文从未停止过被自己的思想所折磨。他称自己为“魔鬼的牧师”，并说揭示这个理论感觉“就像承认了一桩谋杀案”。除此之外，他知道这深深地伤害了他心爱的、虔诚的妻子。即便如此，他还是立刻着手将手稿扩展成一部书。他暂时将其命名为《关于物种和变种通过自然选择起源的论文摘要》——这个标题如此平淡和犹豫，以至于他的出版商约翰·默里决定只印五百册。但一旦收到手稿，以及一个稍微更引人注目的标题，默里重新考虑并把初版印数增加到1250册。
《物种起源》一经问世便在商业上取得了成功，但在评论界却反响平平。达尔文的理论提出了两个棘手的难题。它需要的时间远超开尔文勋爵愿意承认的范围，而且几乎没有化石证据支持。达尔文那些更深思熟虑的批评者问道，他理论明确要求的过渡形式在哪里？如果新物种不断进化，那么化石记录中应该散布着大量中间形式，但事实并非如此。[43]事实上，当时（以及之后很长一段时间）的记录显示，直到著名的寒武纪大爆发那一刻之前，根本没有任何生命迹象。
但现在达尔文来了，没有任何证据，却坚持认为早期的海洋必定有过丰富的生命，我们只是还没有找到它，因为无论什么原因，它没有被保存下来。达尔文坚持认为，只能是这样。“目前的情况必须保持无法解释；并且可以真正被当作反对这里所持观点的有效论据，”他极其坦率地承认，但他拒绝考虑另一种可能性。作为解释，他富有创造性但错误地推测，也许前寒武纪的海洋太清澈了，无法沉积下来，因此没有保存任何化石。
即使是达尔文最亲密的朋友，也对他某些断言的轻率感到困扰。曾在剑桥教过达尔文并于1831年带他进行威尔士地质考察的亚当·塞奇威克说，这本书带给他的“痛苦多于快乐”。路易斯·阿加西则认为这是拙劣的推测。就连莱尔也悲观地总结道：“达尔文走得太远了。”
T.H.赫胥黎不喜欢达尔文坚持需要大量地质时间，因为他是一位跃变论者，即相信进化变化并非逐渐发生而是突然发生的观点。跃变论者（这个词来自拉丁语“跳跃”）无法接受复杂器官能够通过缓慢阶段出现。毕竟，十分之一的翅膀或半只眼睛有什么用？他们认为，这样的器官只有在以完成状态出现时才有意义。
这种信念对于像赫胥黎这样激进的精神来说是令人惊讶的，因为它与英国神学家威廉·佩利在1802年首次提出的一种非常保守的宗教观念——即设计论证——非常相似。佩利认为，如果你在地上发现一块怀表，即使你以前从未见过这样的东西，你也会立刻意识到它是由一个智慧实体制造的。他相信，自然界也是如此：它的复杂性就是其设计的证明。这个观念在十九世纪非常有影响力，也给达尔文带来了麻烦。“眼睛至今仍让我感到一阵寒意，”他在给一位朋友的信中承认道。在《物种起源》中，他承认，“我坦率地承认，自然选择能够通过渐进步骤产生这样一种工具，这似乎在最高程度上是荒谬的。”
即便如此，令他的支持者们无休止地恼怒的是，达尔文不仅坚持所有变化都是渐进的，而且几乎在《物种起源》的每一个版本中，他都增加了他认为进化所需的时间量，这使得他的思想越来越不受欢迎。“最终，”根据科学家兼历史学家杰弗里·施瓦茨的说法，“达尔文几乎失去了在同行博物学家和地质学家队伍中仍然存在的全部支持。”
具有讽刺意味的是，考虑到达尔文称他的书为《物种起源》，他唯一无法解释的就是物种是如何起源的。达尔文的理论提出了一个物种可能如何变得更强壮、更好或更快——简而言之，更适应环境——的机制，但没有说明它如何可能产生一个新物种。苏格兰工程师弗莱明·詹金思考了这个问题，并指出了达尔文论证中的一个重要缺陷。达尔文相信，任何在一代中出现的有益性状都会传递给后代，从而加强物种。
詹金指出，一个亲本的有利性状并不会在后代中占主导地位，事实上，它会通过混合而被稀释。如果你把威士忌倒入一杯水中，你不会让威士忌变得更烈，你会让它变淡。如果你再把那稀释的溶液倒入另一杯水中，它会变得更淡。同样，一个亲本引入的任何有利性状都会被随后的交配逐渐冲淡，直到不再明显。因此，达尔文的理论并非改变的秘诀，而是恒定的秘诀。幸运的偶然事件可能不时出现，但它们很快就会在使一切回归稳定平庸的总趋势下消失。如果自然选择要起作用，就需要某种替代的、未曾考虑过的机制。
达尔文和其他所有人都不知道的是，八百英里外，在中欧一个宁静的角落，一位名叫格雷戈尔·孟德尔的隐居修士正在想出解决方案。
孟德尔于1822年出生在一个贫困的农民家庭，位于奥地利帝国一个偏僻的角落，现在属于捷克共和国。教科书曾将他描绘成一个简单但观察力敏锐的地方修道士，他的发现很大程度上是偶然的——是在修道院的菜园里摆弄豌豆植株时注意到一些有趣的遗传性状的结果。事实上，孟德尔是一位受过训练的科学家——他曾在奥尔米茨哲学研究所和维也纳大学学习物理学和数学——并将科学纪律带入了他所做的一切。此外，他自1843年起居住的布尔诺修道院以博学机构而闻名。它拥有两万册藏书和一个严谨科学研究的传统。