多年来，许多这类名称被悄悄地删除了（尽管并非全部：常见的舟状帽贝在正式场合仍然被称为 Crepidula fornicata），并且随着自然科学的需求变得更加专业化，许多其他改进也被引入。特别是，该系统通过逐渐引入额外的等级而得到加强。属（复数genera）和种（species）在林奈之前一百多年就被博物学家使用，而目（order）、纲（class）和科（family）在其生物学意义上的使用都在1750年代和1760年代开始。但门（phylum）直到1876年才被创造出来（由德国人恩斯特·海克尔创造），而科和目直到二十世纪初才被视为可互换的。有一段时间，动物学家使用科的地方，植物学家则使用目，这偶尔会使几乎所有人感到困惑。[36]
林奈将动物界分为六类：哺乳动物、爬行动物、鸟类、鱼类、昆虫和“蠕虫”（vermes），后者涵盖了所有不属于前五类的生物。从一开始就很明显，将龙虾和虾归入与蠕虫相同的类别并不令人满意，于是创造了各种新的类别，如软体动物门（Mollusca）和甲壳纲（Crustacea）。不幸的是，这些新的分类并未在各国统一应用。为了重建秩序，英国人在1842年颁布了一套称为“斯特里克兰法典”（Stricklandian Code）的新规则，但法国人认为这过于专横，法国动物学会（Société Zoologique）则提出了自己与之冲突的法典。与此同时，美国鸟类学会（American Ornithological Society）出于模糊的原因，决定使用1758年版的《自然系统》（Systema Naturae）作为其所有命名的基础，而不是其他地方使用的1766年版，这意味着许多美国鸟类在十九世纪被记录在与欧洲表亲不同的属中。直到1902年，在国际动物学大会（International Congress of Zoology）的一次早期会议上，博物学家们才最终开始表现出妥协精神，并采用了一套通用的法典。
分类学有时被描述为一门科学，有时被描述为一门艺术，但实际上它是一个战场。即使在今天，系统中的混乱程度也比大多数人意识到的要多。以门的范畴为例，这个划分描述了所有生物的基本身体构造。一些门是众所周知的，例如软体动物门（蛤蜊和蜗牛的家园）、节肢动物门（昆虫和甲壳类动物）以及脊索动物门（我们和所有其他有脊椎骨或原脊索的动物），尽管随后事物迅速转向默默无闻。在后者中，我们可以列出颚口动物门（海洋蠕虫）、刺胞动物门（水母、海蜇、海葵和珊瑚）以及娇嫩的普里阿普斯虫门（或称小“阴茎蠕虫”）。无论熟悉与否，这些都是基本的划分。然而，关于应该有多少个门，令人惊讶地缺乏共识。大多数生物学家将总数定在三十个左右，但有些人选择二十多个，而爱德华·O·威尔逊在《生命的多样性》中将数量定在惊人健壮的八十九个。这取决于你决定在哪里划分——正如生物学界所说，你是一个“合并派”还是一个“拆分派”。
在更日常的物种层面，分歧的可能性甚至更大。一种草是应该被称为 Aegilops incurva、Aegilops incurvata 还是 Aegilops ovata，这可能不会激起许多非植物学家的热情，但在合适的圈子里，这可能是非常激烈争论的源头。问题在于，草有五千种，即使是对草很了解的人来说，它们中的许多看起来也极其相似。因此，有些物种被发现和命名至少二十次，而且似乎几乎没有任何物种没有被独立识别至少两次。《美国禾草手册》（Manual of the Grasses of the United States）这本两卷本著作花费了二百页密密麻麻的排版来厘清所有的同物异名，生物学界就是这样称呼其无意但相当普遍的重复现象。而这仅仅是针对一个国家的禾草。
为了处理全球舞台上的分歧，一个名为国际植物分类学协会的机构负责裁决优先权和重复问题。它会定期颁布法令，宣布加州管花（Zauschneria californica）（一种常见的岩石花园植物）今后应被称为加州柳叶菜（Epilobium canum），或者宣布极细红翎藻（Aglaothamnion tenuissimum）现在可被视为与绒线红翎藻（Aglaothamnion byssoides）同种，但与拟绒线红翎藻（Aglaothamnion pseudobyssoides）不同种。通常这些都是些整理的小事，引不起多少注意，但当它们触及受人喜爱的园艺植物时，就像有时会发生的那样，不可避免地会引发愤怒的尖叫。在20世纪80年代末，常见的菊花（chrysanthemum）被（显然是基于可靠的科学原理）从同名属中驱逐出去，并被降级到相对单调和不受欢迎的菊蒿属（Dendranthema）世界。
菊花育种者是一个自豪而庞大的群体，他们向那个听起来难以置信但真实存在的种子植物委员会（Committee on Spermatophyta）提出了抗议。（此外还有蕨类植物委员会、苔藓植物委员会和真菌委员会等，都向一个名为总报告员（Rapporteur-Général）的执行官报告；这真是一个值得珍惜的机构。）尽管命名规则本应严格执行，但植物学家并非对情感无动于衷，1995年这项决定被推翻。类似的裁决也拯救了矮牵牛、卫矛和一种受欢迎的孤挺花免于降级，但许多天竺葵属植物则不然，它们在几年前在一片哀嚎声中被转移到了天竺葵属（Pelargonium）。这些争议在查尔斯·埃利奥特的《花棚杂记》（The Potting-Shed Papers）中有趣地进行了概述。
在所有其他生物领域也可以发现大致相同类型的争议和重新排序，因此保持一个总体的计数远非你可能想象的那么简单直接。因此，一个相当惊人的事实是，我们完全不知道——“甚至连最接近的数量级都不知道，”用爱德华·O·威尔逊的话来说——我们星球上生活着多少种生物。估计数从300万到2亿不等。更令人惊奇的是，根据《经济学人》的一篇报道，世界上多达97%的动植物物种可能仍有待发现。
在我们确实了解的生物中，超过99%只被粗略地描述过——威尔逊这样描述我们知识的现状：“一个科学名称，博物馆里的少数标本，以及科学期刊上的一些描述片段”。在《生命的多样性》中，他估计所有类型（植物、昆虫、微生物、藻类，一切）的已知物种数量为140万，但他补充说那只是一个猜测。其他权威人士将已知物种的数量估计得稍高一些，大约在150万到180万之间，但没有这些东西的中央登记处，所以无法核对数字。简而言之，我们发现自己处于一个显著的位置，那就是我们实际上不知道我们实际上知道什么。
原则上，你应该能够去请教每个专业领域的专家，询问他们领域有多少物种，然后将总数相加。事实上，许多人已经这样做了。问题在于，很少有两个人能得出相同的数字。一些资料将已知真菌种类定为7万种，另一些则定为10万种——几乎是前者的一半。你可以找到确信的断言，称已描述的蚯蚓物种数量为4千种，同样确信的断言则称该数字为1.2万种。对于昆虫，数字从75万种到95万种不等。你要明白，这些据说都是已知的物种数量。对于植物，普遍接受的数字在24.8万到26.5万种之间。这看起来差异可能不大，但这比整个北美洲开花植物数量的二十倍还要多。
整理事物并非易事。20世纪60年代初，澳大利亚国立大学的科林·格罗夫斯开始对已知的250多种灵长类动物进行系统调查。结果常常发现，同一物种被描述过不止一次——有时甚至好几次——而发现者都未意识到他们处理的是一种科学上已知的动物。格罗夫斯花了四十年时间才理清一切，而这还是针对一个相对较小、易于区分、通常没有争议的生物群体。天知道如果有人尝试对地球上估计有2万种地衣、5万种软体动物或超过40万种甲虫进行类似的工作，结果会如何。