以前从未有过，以后也再没有过，植物学考察队能取得如此巨大的成功。部分原因是这次航行途经了许多新的或鲜为人知的地方——火地岛、塔希提岛、新西兰、澳大利亚、新几内亚——但主要原因在于班克斯是一位如此精明且富有创造力的收藏家。即使在里约热内卢因检疫而无法上岸时，他也仔细检查了一捆为船上牲畜准备的草料，并从中发现了新的物种。似乎没有什么能逃过他的注意。他总共带回了三万件植物标本，其中包括一千四百件以前从未见过的——足以使世界上已知植物的数量增加约四分之一。
但班克斯的庞大收藏只是总收获的一部分，那是一个几乎荒谬地渴求收藏的时代。十八世纪的植物采集变成了一种国际性的狂热。荣耀和财富都等待着那些能找到新物种的人，植物学家和冒险家们为了满足世界对园艺新奇事物的渴望，付出了令人难以置信的努力。托马斯·纳托尔，那个以卡斯帕·威斯塔的名字命名紫藤的人，作为一个未受教育的印刷工来到美国，却发现了对植物的热情，步行穿越了半个国家又回来，收集了数百种以前从未见过的生长物。约翰·弗雷泽，弗雷泽冷杉以他的名字命名，在荒野中为叶卡捷琳娜大帝收集标本多年，最终出来时发现俄国换了新沙皇，新沙皇认为他疯了，拒绝履行他的合同。弗雷泽把所有东西都带到了切尔西，在那里他开了一家苗圃，通过向欣喜若狂的英国士绅出售杜鹃花、映山红、木兰、弗吉尼亚爬山虎、紫菀和其他殖民地奇花异草而过上了富裕的生活。
如果找到合适的发现，就能赚取巨额财富。业余植物学家约翰·里昂花了两年艰苦而危险的时间收集标本，但他的努力为他带来了相当于今天近20万美元的收入。然而，许多人仅仅是出于对植物学的热爱而这样做。纳托尔将他发现的大部分东西都捐赠给了利物浦植物园。最终，他成为了哈佛植物园的主任，并撰写了百科全书式的《北美植物属志》（他不仅撰写了这本书，而且大部分排版工作也是他完成的）。
而那还仅仅是植物。还有新世界的所有动物群——袋鼠、几维鸟、浣熊、山猫、蚊子以及其他超乎想象的奇特形态。地球上的生命体积似乎是无限的，正如乔纳森·斯威夫特在一些著名的诗句中指出的那样：
所以，博物学家观察到，跳蚤身上
有更小的跳蚤寄生捕食；
而这些又有更小的来叮咬它们；
如此无限循环下去。
所有这些新信息都需要归档、整理，并与已知信息进行比较。世界迫切需要一个可行的分类系统。幸运的是，瑞典有个人已经准备好提供这个系统。
他的名字是卡尔·林奈（Carl Linné）（后来经允许改为更贵族化的冯·林奈，von Linné），但现在人们以拉丁化的形式卡罗勒斯·林奈（Carolus Linnaeus）记住他。他于1707年出生在瑞典南部一个名为罗斯胡尔特（Råshult）的村庄，是一位贫穷但有抱负的路德宗副牧师的儿子，他学习如此迟钝，以至于他恼怒的父亲让他（或者根据某些说法，几乎让他）去当鞋匠学徒。年轻的林奈对终生敲打钉子到皮革上的前景感到震惊，恳求再给一次机会，机会被准予了，此后他在学术上再未动摇。他在瑞典和荷兰学医，尽管他的热情转向了自然世界。在1730年代初，他二十多岁时，开始使用自己设计的系统编制世界动植物物种目录，他的名声逐渐增长。
很少有人能像他那样安然享受自己的伟大。他大部分闲暇时间都在撰写长篇而奉承的自我描绘，宣称从未有过“比他更伟大的植物学家或动物学家”，并且他的分类系统是“科学领域最伟大的成就”。他谦虚地建议自己的墓碑上应该刻上“植物学王子”（Princeps Botanicorum）。质疑他慷慨的自我评价从来都不是明智之举。这样做的人往往会发现自己有杂草以他们的名字命名。
林奈的另一个显著特点是对性的持久——有时甚至可以说是狂热的——关注。他尤其对某些双壳类动物与女性外阴的相似性印象深刻。他给一种蛤蜊的各个部分命名为外阴、阴唇、阴毛、肛门和处女膜。他根据植物生殖器官的性质对其进行分组，并赋予它们惊人的人性化情爱色彩。他对花及其行为的描述充满了“滥交”、“不育的妃嫔”和“婚床”等提法。在一个常被引用的段落中，他写道，在春天：
爱甚至降临到植物身上。雄性和雌性……举行它们的婚礼……通过它们的性器官显示哪些是雄性，哪些是雌性。花的叶子充当婚床，造物主如此辉煌地安排，用如此高贵的床幔装饰，并用如此多柔和的香气熏香，以便新郎与他的新娘能在那里更庄严地庆祝他们的婚礼。当婚床准备好后，就是新郎拥抱他心爱的新娘并将自己交给她的时候了。
他给一个植物属命名为阴蒂属（Clitoria）。不出所料，许多人认为他很奇怪。但他的分类系统是不可抗拒的。在林奈之前，植物的命名是冗长描述性的。普通的地樱桃被称为 Physalis amno ramosissime ramis angulosis glabris foliis dentoserratis。林奈将其缩短为 Physalis angulata，这个名字至今仍在使用。植物界同样被命名的不一致性所困扰。一位植物学家无法确定 Rosa sylvestris alba cum rubore, folio glabro 是否与其他人称为 Rosa sylvestris inodora seu canina 的是同一种植物。林奈通过简单地称其为 Rosa canina 解决了这个困惑。要使这些删减对所有人都实用和可接受，需要的远不止是果断。它需要一种本能——实际上是一种天才——来发现一个物种的突出特征。
林奈系统如此根深蒂固，以至于我们几乎无法想象替代方案，但在林奈之前，分类系统常常高度随意。动物可能会根据它们是野生的还是驯化的、陆生的还是水生的、大的还是小的，甚至根据它们是否被认为是英俊高贵或无足轻重来进行分类。布丰根据动物对人类的用途来排列它们。解剖学上的考虑几乎不涉及。林奈毕生致力于通过根据所有生物的物理属性对其进行分类来纠正这种缺陷。分类学——即分类的科学——从此再未回头。
当然，这一切都需要时间。他伟大的《自然系统》第一版于1735年问世，只有十四页长。但它不断增长，直到第十二版——林奈生前看到的最后一版——扩展到三卷，共2300页。最终，他命名或记录了大约13000种动植物。其他著作更为全面——约翰·雷在英国的三卷本《植物通史》，早一代完成，就涵盖了不下18625种植物——但林奈拥有而其他人无法企及的是一致性、秩序性、简单性和及时性。尽管他的工作可以追溯到1730年代，但在英国直到1760年代才广为人知，正好使林奈成为英国博物学家的某种父辈人物。没有哪个地方比英国更热情地拥抱他的系统（这也是为什么，举例来说，林奈学会的总部设在伦敦而非斯德哥尔摩）。
林奈并非完美无瑕。他为神话中的野兽和“怪异人类”留出了空间，他轻信地接受了海员和其他富有想象力的旅行者的描述。其中包括一个野人，Homo ferus，他四肢行走，尚未掌握语言艺术，以及Homo caudatus，“有尾巴的人”。但我们不应忘记，那毕竟是一个更加轻信的时代。即使是伟大的约瑟夫·班克斯，也对十八世纪末苏格兰海岸一系列据报道的美人鱼目击事件表现出浓厚而相信的兴趣。然而，在大多数情况下，林奈的失误被可靠且常常是出色的分类学所抵消。在其他成就中，他看到鲸鱼与牛、老鼠和其他常见的陆地动物同属于四足动物目（Quadrupedia）（后来改为哺乳动物纲，Mammalia），这在以前没有人做到过。
起初，林奈只打算给每种植物一个属名和一个编号——旋花属1号，旋花属2号，以此类推——但很快意识到这并不令人满意，于是想出了至今仍是该系统核心的双名法。最初的意图是将双名法用于一切事物——岩石、矿物、疾病、风，自然界中存在的任何东西。并非所有人都热情地接受了这个系统。许多人对其倾向于不雅感到不安，这有点讽刺，因为在林奈之前，许多动植物的俗名都相当粗俗。蒲公英长期以来被普遍称为“尿床草”，因为其据称具有利尿特性，其他日常使用的名称包括“马屁”、“裸女”、“抽搐睾丸”、“狗尿”、“开腚”和“擦屁股毛巾”。其中一两个朴实的称谓可能至今仍在英语中不知不觉地保留着。例如，铁线蕨中的“铁线”并非指少女头上的头发。无论如何，长期以来人们一直认为，用一些古典的重新命名来给自然科学增添尊严是相当可取的，因此当发现这位自封的植物学王子在他的文本中散布着诸如阴蒂属（Clitoria）、交媾属（Fornicata）和女阴属（Vulva）之类的名称时，人们感到某种程度的沮丧。